Büyük Tokyo Metropolü'nün merkezi olan Tokyo, demiryolu ve kara taşımacılığında Japonya'nın en büyük yerel ve uluslararası merkezidir. Ancak hava sahası II. Dünya Savaşı sonrasında ABD ordusunun münhasır kontrolü altındadır. Tokyo içindeki toplu taşımaya, ikincil rol yapan otobüsler, monoraylar ve tramvaylar ile çeşitli operatörlerce işletilen büyük "temiz ve verimli" tren ve metro ağı hakimdir. Tokyo'da 62'ye varan elektrikli tren hattı ve 900'den fazla tren istasyonu vardır.

Şibuya Geçidi aynı anda yaklaşık 3.000 kişinin karşıya geçtiği "dünyanın en işlek yaya geçididir".

İkinci Dünya Savaşı'nın bir sonucu olarak, Japon uçaklarının Tokyo üzerinden uçması genellikle yasaktır. Bu yüzden Japonya Tokyo'nun dışında havalimanları yapmıştır. Chiba prefektörlüğü'ndeki Narita Uluslararası Havalimanı uluslararası yolcuların Japonya'ya açılan ana kapısıdır. Japonya'nın bayrak taşıyıcıları olan Japan Airlines ve All Nippon Airways'in bu havaalanında aktarma merkezi vardır. Ōta'daki ıslah edilmiş arazide Haneda Uluslararası Havalimanı iç ve dış hat uçuşları sunar. 2018 itibarıyla, Tokyo hava sahasından Haneda'ya bazı uçuş rotalarına izin verilir.

Tokyo tarafından yönetilen çeşitli adaların kendi havaalanları vardır. Hachijō-jima (Hachijojima Havalimanı), Miyakejima (Miyakejima Havalimanı) ve Izu Ōshima 'nın (Oshima Havalimanı) Tokyo International'a ve diğer havaalanlarına seferleri vardır.

Demiryolu, dünyadaki en geniş kentsel demiryolu ağına ve eşit derecede büyük yüzey hat ağına sahip olan Tokyo'da en başta gelen ulaşım türüdür. JR East, Tokyo şehir merkezini çevreleyen Yamanote Hattı döngüsü de dahil olmak üzere Tokyo'nun en büyük demiryolu ağını işletir. Tokyo metropol bölgesinin tamamında ve Honshū'nun kuzeydoğu kesiminin geri kalanında demiryolu hatları işletir. JR East ayrıca Şinkansen yüksek hızlı tren hatlarından da sorumludur.

Metro ağını iki farklı kuruluş işletir: özel Tokyo Metrosu ve devlet Tokyo Metropoliten Ulaşım Bürosu. Büyükşehir yönetimi ve özel taşıyıcılar, otobüs güzergahları ve tramvay güzergahı işletir. Tokyo, Shinagawa ve Shinjuku dahil olmak üzere dev tren istasyonlarındaki ana terminallerle yerel, bölgesel ve ulusal hizmetler vardır.

Otoyollar başkenti Büyük Tokyo Bölgesi, Kantō bölgesi ve Kyūshū ve Shikoku adalarındaki diğer noktalara bağlar. 1964 Yaz Olimpiyatları'ndan hemen önce bu yolları yapmak için çoğu yol mevcut yolların üzerine inşa edildi. Diğer ulaşım, özel servislerde ve şehir ve kasabalarda çalışan taksileri içerir. Ayrıca uzun mesafeli feribotlar Tokyo adalarına hizmet verir, iç ve dış limanlara yolcu ve yük taşır.